cześć,
Proponowałbym użyć w modelingu Extract Face i zaznaczyć tam opcję usuwania otworów.
Tak uzyskaną powierzchnię (już bez otworów) użyć w manufacturingu jako workpiece i powierzchnię do obróbki.
A w następnym Workpiece użyj bryły do zrobienia otworów.
Pozdrawiam
Grzesiek