Jak zaczeniesz się bawić w przekładanie enkoderów między silnikami możesz mieć problem. Wydaje Ci się że zakładasz idealnie tak samo, a jednak nie

Do ustalania pozycji enkodera na wale silnika są specjalne urządzenia.
Co do przyporządkowania enkodera do silnika, spójrz na to w taki sposób. Nawet jeśli enkoder ma komunikację i siedzą w nim dane silnika, to po przełożenia go do innego silnika, on dalej ma te dane u siebie i dalej będzie się zgłaszał jak jego pierwotny silnik.
Driver nie jest w stanie rozpoznać numeru seryjnego silnika, bo widzi tylko jego uzwojenia. Wszsytko co wie o silniku, dostaje z enkodera.
Serwonapędy często mają osobne wejście na dodatkowy enkoder do pełnej pętli sprzężenia zwrotnego. Sprawdź czy u Ciebie nie ma, jeśli jest to łatwiej będzie dołożyć dodatkowy enkoder bez ingerencji w ten oryginalny na serwie.
Pozdrawiam