Bo system cad używa matematyki do obliczeń a osie mogą się na modelu "mijać" choćby o 0.01 mm (o czym ty możesz nie wiedzieć) i wtedy dla systemu nie mają punktu przecięcia. Model importujesz z określoną tolerancją, jeśli został niechlujnie utworzony bądź przeszedł przez kilka translatorów na różne formaty mogą być takie efekty.
Moim zdanie należy na istniejącym modelu tworzyć "swój" w którym, osie się przecinają, znane są wtedy te punkty, widać będzie czy tworzony model jest poprawny, bądź jakie są odchylenia w przestrzeni.

Widzę tu http://www.tubenet.org.uk/cgi/reg505uus ... &laji=soft że jest soft który operuje bezpośrednio na bryłach.
http://www.tubenet.org.uk/technical/addison_m.html

Step otwierasz w programie cad i wymiarujesz co potrzebne.
Zamieść go gdzieś.