Pomyślałem jeszcze abyś ręcznie ustawił kolejność wycinania obiektów (masz taką opcję w Twoim programie - ''Manual sorting and the set of cutting point and the cutting direction'')
Może jak ustawisz aby te rozcięte elementy były wykonywane jedno po drugim a nie jak pisałeś np. na końcu to może te odsunięcia będą niezauważalne .Jak to by poprawiło jakość to znaczy ,że albo masz źle dobrane 'mnożniki' silników albo jednak mechanika .

Ciekawe ,czy doszedłeś już co to było ?
Pisałeś ,że te końcówki wycina Ci nie w tym samym przejściu co resztę detalu tylko głowica przesuwa się w inne miejsce i później wraca wyciąć ten element i jest wtedy przesunięcie cięcia .Było tu na forum też coś podobnego i sprawcą było losowe gubienie kroków związane z niedomogą mechaniki.Ale to łatwo sprawdzić .

Cześć
Po dokładnym obejrzeniu projektu myślę ,że przyczyna tkwi w niepozamykanych krzywych .
Wszystkie małe serca maja te końcówki ''oderwane '' od reszty serca (powiększ sobie same końcówki małych serc np w corelu lub ai )
Ja dysponuję tylko laserami co2 do drobiazgu ze sklejki i one by to wykonały prawdopodobnie dobrze ale Twoja maszyna zachowuje się jak frezarka szczególnie jak masz możliwość ustawienia czy promień lasera może iść po ścieżce zewnętrznej (czy wewnętrznej ) maszyna przy otwartych krzywych z ustawioną ścieżką np. po zewnętrznej uwzględnia kierunek krzywej a tam te końcówki mają inny kierunek niż reszta .

A mógłbyś załączyć plik np. dxf sprawdzę na innym programie .