Chyba w każdym programie można ręcznie ingerować w "logikę" jego działania.
Przejdź do edycji rysunku, i tam postaw jakiś obiekt - kółko, kreskę z końcami gdzie bedą otwory czy wymiar gdzieś zawieszony który pozwoli zorientować się w pozycji oczekiwanych otworów.
Lub nic nowego nie rysuj...
Wróc do oróbki i na płaskim wierć w zaznaczonych miejscach - w środku otworu, lub na końcach odcinka.
A jak nic nie narysowałeś to wpisz współrzędne z ręki. W czasie gdy bedzie pytał o miejsce wiercenia naciśnij klawisz "x" - pojawi się okienko gdzie wpiszesz co trzeba. Poziom, głebokość i resztę też odpowiednio w tabece operacji.