Planowanie to podstawa czy to płaszczyzny pod zakupiony stół trowkowy czy też samego stołu.
Ja bym radził najpierw maszynę doprowadzić do stanu używalności bo 1mm to masakra i fazki w powietrzu będą

Wymienić można i na drewniany, ale to już od kolegi zależy
Co do faz to jak kolega obrabia otwór po zakończeniu zrobić dodatkową trajektorię o odpowiednim zagłębieniu i dać naddatek na minus w zależności od wymogów. Zrobić symulacje i będzie widać.
Tak samo do wszystkich pozostałych kształtów jakie tylko kolega tam ma.
Co to kąta faz to zależy od narzędzia.