Może źródłem problemu jest KCam albo inny program korzystający z poru LPT (czasami programy takie instalują własne sterowniki dla poru nie będące w pełni zgodne z systemem blokując poprawną pracę sterownika Macha). Kiedyś gdy miałem zainstalowane w systemie KCam i Mach2 zdarzało się, że jeden z tych programów nie funkcjonował poprawnie.

A sprawdzałeś czy np. któryś z sygnałów wejściowych lub enkoder nie używają przypadkiem któregoś z pinów osi Z?