Spróbuj z programem jeżdżącym osią Z tam i z powrotem z max. szybkością - coś w rodzaju:
G00 Z-5
G00 Z0
G00 Z-5
G00 Z0
...
i po kilku-kilkudziesięciu cyklach sprawdź czy wysokość nadal się zgadza. Można też wypróbować asymetrycznej szybkości - do góry przez G00, na dół przez G01.

Może spróbuj "frezować" powietrze - pauzuj program w kilku charakterystycznych miejscach i zmierz wysokość freza. Jeśli będzie poprawna - masz problem z mechaniką np. na podstawie własnych, złych, doświadczeń - frez wyjeżdżający ze zbyt słabo dociągniętego uchwytu lub zbyt słaby - gubiący kroki - napęd osi Z. Jeśli nie - problem jest z programem bądź elektroniką.