"Windows jest rozbity na kilka partycji, bo taki kaprys miał jego instalator ..." ja się nie znam ale już w dawnych czasach kiedy winda instalowała się na jednej partycji linux standardowo robił to na trzech - root, swap i usr (chyba). Więc co jest dziwnego w rozbijaniu instalacji na kilka partycji?
Co do aomei backuper - darmowa wersja nie kopiuje boot sektora (chyba) i skopiowany dysk nie startuje - niezależnie czy chodzi o winde czy linuksa. W przypadku linuksa można to jednak dość prosto naprawić. Dość często używam tego programu do klonowania dysków - najbardziej irytujące jest dla mnie to że bardzo długo się uruchamia a co gorsza nie rozpoznaje dysków podłączonych po jego uruchomieniu przez usb.