Zalezy gdzie masz bazę wymiarową i od której strony masz zdefiniowane głębokości.
Jesli mamy przedmiot A z rysunku.(to Twój sposób programowania) Wtyedy niezależnie czy Y ma 10mm czy 20mm, to u ciebie dół wywierconego otworu będzie np 10mm od bazy 0 stołu w osi Z.

A jeśli bazę programu zrobiłbyś na górnej płaszczyźnie przedmiotu (przedmiot B z rysunku) i zdefiniowałbyś, że kieszenie maja byc wybrane na głebokośc 20mm od górnej płaszczyzny (wymiar X) przemiotu B - czyli Z-20). Wtedy niezaleznie czy przedmiot ma wysokośc 10mm czy 50mm, masz jeden program.

Wszystko zalezy tylko od tego z której strony bazujesz. Ale najczęściej jest to górna płaszczyzna przedmiotu.

Mam nadzieję, że co nieco rozjaśniłem.