może przejdź na układ pojemnościowy zamiast pomiaru napięcia

osobiście by zrobił układ nie zalezny ... pomiar napięcia nie badany przez program ale w osobnym module.
jeżeli CNC , ma możliwość dać jaką kolwiek informację o zmianie osi , to super.
Wówczas przy zmianie osi pomiar sie wyłaczy , co nie spowoduje obniżenia palnika.
Ale rozwiązań jest naprawdę dużo.
A czy Ty sam też robisz program sterujący

Myślę że dobrze jest zrobić regulację na zewnątrz.
gdy zużywa Ci się elektroda to palnik będzie się obniżać. Więc wówczas zmieniasz wartość o tyle żeby palnik pracował na odpowiedniej wysokości.
Dobrze jest mieć niewielkie opóźnienie ( regulację ) żeby nie pojawiało się tak zwane „szycie „ palnika. Opóźnienie to spowoduje że palnik będzie z jakimś opóźnieniem reagował nap na zmianę osi. Czyli w przypadku gdy silnikiem osi „Z” sterują dwa przekaźniki odpowiedzialne za ruch „góra” „dół” i tniesz np. kwadrat to gdy silnik osi „X” się zatrzyma a włączy się silnik osi „Y” to czas postoju palnika po między zmianami osi należy wypełnić np. brakiem pomiaru gdyż palnik ma tendencję przy THC ( lub AVC ) zjechać w dół w celu wyrównania zadanego napięcie.
Tak ze regulacja chyba najlepiej jak by była wyprowadzona na zewnątrz.

Co do grubości materiału … zmienia się grubość to zmienia się obciążenie a przy okazji zmienia się wartość napięcia gdzie szybkość maleje. Więc to jest kolejny powód by zrobić regulację na zewnątrz.

Również rozważ możliwość zastosowania przekaźnika hamującego. Bezwład może powodować to że palnik będzie za nisko opadać.