Zacznę od końca, dobrze jest w podprogramie na wymianę pręta zrobić na nim fazę żeby nie było gradu który powstaje przy przecinaniu. To jest elementarna sprawa, rozumiem że toczysz z tuleją prowadzącą a ona ma powiedzmy 0.02 luzu na pręcie, jeśli zostanie po przecięciu nawet niewielki grad, sam zacisk od podajnika nie będzie w stanie "przeciągnąć" przez niego końcówki.
Jeśli chodzi o wiercenie z boku to podstawą jest wypozycjonowanie i zablokowanie osi C, później program piszesz tak samo jak na wiercenie czołowe oczywiście z uwzględnieniem odpowiednich parametrów M do aktualnie używanego narzędzia, np. M23 może być na pierwszą oprawkę napędzaną ale na kolejną żeby włączyć prawe obroty przeważnie trzeba dać M24.
M kody podaję przykładowe, u Ciebie może to być np M123 lub zupelnie inny.

No toż to tokarka przecież, tyle że wzdłużna. Pewnie z Fanucem?
Konkretne pytania prosze to może coś wymyślimy.