Na początek zamień kabelki jednej z faz silnika Z - to odwróci kierunek pracy - góra stanie się dołem. Po tym zabiegu puść program góra-dół i zobaczysz, czy się podniesie, czy zaryje w materiał. Jeżeli opadnie - problem w sterowaniu. Jeżeli znowu się podniesis - problem mechaniczny.

Drivery silników spodziewają się, że sygnał DIR (cw/ccw) jest w stanie ustalonym w momencie nadejścia sygnału STEP (czy CLK w nomenklaturze Toshiby). Dobrze jest, jeżeli jest tu pewne wyprzedzenie. TB6560 mają max. fclk = 15kHz (czyli mało) - można się zatem spodziewać, że wyprzedzenie na poziomie kilkumikrosekund jest konieczne dla pewności. Czy ten wynalazek z Arduino to zapewnie (i czy ew. pozwala regulować) - nie wiadomo; nie chce mi się czytać kodu/specyfikacji.

Asymetria ruchu w tę stronę może wynikać np. ze złych wyprzedzeń sygnału dir względem step.
Kolejny test, który powinien być względnie łatwy do wykonania, to przepięcie kabli silnika krokowego tak, aby odwrócić kierunek obrotu (wystarczy zamienić 2 kabelki w jednej, dowolnie wybranej fazie) - jeżeli zacznie "zaniżać" zamiast "zawyżać", to na 99.9% problem leży w cyfrowej części sterowania (np. wspomniane wyżej wyprzedzenie).