a czy 7805 się " troszkę " nie grzeje zbijając z 35 na 5 V ?

Nie - jest komplentnie zimny. Na razie sprawdzałem na 24V. 7805 wytraca wtedy 19V * I - gdzie I = prąd logiki, czyli max 12mA wg. specyfikacji kontrolera. W sumie daje to ok. 0.2W.
Przy 3 osiach będzie 0.6W.

no i co może być jak - logika nie będzie już zasilana a na kondensatorach ( zasilania silnika ) zostanie napięcie ?

U mnie zasilacz jest wspólny, więc logika będzie zasilana aż do spadku napięcia na kondensatorach poniżej 5V. Wtedy już nie powinny większej krzywdy kontrolerowi zrobić.

Naładowany kondensator stopnia mocy może uszkodzić sterownik silnika, jeżeli część logiczna nie jest zasilana. Czy tak się stanie - zależy od konkretnego modelu sterownika. Toshiby są dość wybredne, A3977 jest na to odporny, L297 - nie mam pojęcia.
Generalnie chodzi o to, że jeżeli wewnętrzna logika sterownika nie utrzymuje przy braku zasilania jakiegoś sensownego napięcia bramek/prądu baz tranzystorów w mostku, to tranzystor może być np. częściowo otwarty i się przepalić przy przyłożeniu do niego napięcia.

Ja stosuję u siebie proste rozwiązanie - sterownik zasilam z 7805 podpiętego pod zasilanie silników (akurat mogę to zrobić, bo silniki zasilam z 35V a 7805 działa do 36V), więc nie ma możliwości, aby logika nie była zasilana wtedy, kiedy są zasilane silniki. Jeżeli u siebie nie przekraczasz 36V to możesz zrobić podobnie - chociaż nadal będzie możliwe, że przy zaniku napięcia logiki na części "mocy" będzie nadal ok. 4.5V - czy sterownikowi będzie to przeszkadzać - trudno powiedzieć.