Enkoder bardzo łatwo sprawdzić.
Potrzebny będzie jedynie woltomierz, choć lepsza była by sonda TTL.

Włączasz zasilanie, miernik podłączasz do styków GND i EB złącza enkodera. Następnie wolno pokręcasz tarczą, miernik powinien pokazywać zmiany od ok. 0V do 5V. Ten sam test wykonaj podłączając miernik do styków GND i EA.
Jeśli zmiany napięcia występowały w obu testach, to enkoder jest sprawny.

1. Możesz zasilać sterownik z odrębnych zasilaczy ale należy zadbać o to, by zasilanie logiki pojawiło się przed podaniem napięcia na stopień mocy (silnik). Przy wyłączaniu kolejność zaniku ma być odwrotna. Najlepiej jeśli oba napięcia pojawiają się i zanikają jednocześnie, przy włączaniu i wyłączaniu. UPS można zastosować ale czy będzie w stanie zasilać silniki w maszynie to raczej wątpię. Tak czy inaczej praca zostanie przerwana.
2. Nie widzę przeciwwskazań odnośnie zasilaczy impulsowych. Należy jednak pamiętać o dodatkowych kondensatorach filtrujących.
3. Na początek pomijamy NE, NA.
4. To już inna sprawa.
Po pierwsze upewnij się, że wszystkie elementy polarne (kondensatory elektrolityczne, diody, tranzystory, układy scalone) zamontowane są zgodnie z opisem. Prześwietl lampką biurkową PCB pod kątem zwarć (strona mocy). Jeśli to nie pomogło, szukaj zwarć omomierzem. Jeśli zwarcie mierzysz wszędzie, to podłącz zasilanie przez żarówkę 12V/10W a następnie kolejno odłączaj elementy, diody wystarczy z jednej strony, tranzystory całkowicie. Na czas lutowania wyłączaj zasilanie. Kiedy żarówka zgaśnie, będzie oznaczało to odnalezienie wadliwego elementu. Nie wymieniaj go tak po prostu tylko opisz na forum. Możliwe, że uszkodzenie jest skutkiem a nie przyczyną. Najlepiej zrób dobre zdjęcie uruchamianego PCB, zwłaszcza okolic tranzystorów i zacisków wyjściowych.