Pytałem o wydzielanie mocy, gdyż mimo wszystko będę obstawiał ciepło z radiatora L298 jako prawdopodobną przyczynę uszkodzenia L297. Sytuacja taka może wystąpić kiedy powietrze opływające radiator zostanie skierowane w stronę L297 np. przez strumień wentylatora lub na skutek zamontowania PCB sterownika radiatorem do dołu. Z Twojego opisu wynika, że posiadasz sterowniki SSK-B1, który produkowany był w dwuch wersjach. Upewnij się, że w pobliżu (pin 2 i 12) L297 znajduje się kondensator ceramiczny 100nF. Translator L297 jest układem cyfrowym zawierającym całe mnóstwo bramek logicznych. Taka pojedyńcza bramka w czasie przełączenia (propagacji) potrzebuje całkiem sporo prądu, nawet kilka mA. Na wykresie czasowym wygląda to jak szpilka. Jeśli taki układ pracuje z dużą szybkością to nakładające się na siebie szpilki poboru prądu powodują, że zwyczajnie może go zabraknąć (wystąpi chwilowy spadek napięcia zasilania +5V). W tym czasie energia zasilająca układ w sporej części pochodzi od kondensatora a w wypadku jego braku lub uszkodzenia może zdażyć się wszystko.
Kompletny sterownik CNC jest miejscem, w którym krzyżują się słabe sygnały sterujące TTL z dużymi napięciami i prądami niezbędnymi do pracy silników. Sposób rozmieszczenia bloków we wnętrzu obudowy oraz "styl" prowadzenia przewodów mocy i sygnałowych ma ogromne znaczenie.

Jak dużym prądem był sterowany silnik?
Jakim napięciem zasilasz silnik?
Jaki stosujesz radiator?
Czy wiesz, że L298 w czasie pracy może rozpraszać do 25W mocy?
Oczywiście może być to przypadek. Na Twoim miejscu zrobił bym wszystko, by przypadki unieruchomienia maszyny nie miały miejsca.

Jeśli możesz to zrób zdjęcie sprzętu.

Uszkodzony jest L297 na 100%.
Przyczyn może być wiele, począwszy od słabego styku sterownika z silnikiem, skończywszy na przepięciu w sieci energetycznej, czy rozmowy przez komórkę.
Potrzeba więcej informacji o sterowniku, zasilaczu itd.