Jest prawdopodobne, że układ 4013, który sterował uszkodzonym tranzystorem też jest uszkodzony. Sprawdź czy i on nie jest tak gorący jak stabilizator. Z Twojego opisu sterowania osi Y wynika uszkodzenie IC5B lub bramki IC4A.
Zanim zmienisz projekt wymontuj wszystkie układy z płytki (mam nadzieję, że są w podstawkach), sprawdź pobór prądu ze stabilizatora 5V ew. jego temperaturę oraz napięcie na wyjściu. Twój układ może zostać odłączony od PC (zawiera oporniki "podciągające" na wejściach) więc zrób to przed rozpoczęciem diagnostyki. Upewnij się, że wszyskie układy mają zgodne oznaczenia a tranzystory (jeśli zastosowałeś inne) mają zgodne wyprowadzenia. Tranzystory można sprawdzić w układzie (zakładam wyjęcie 4013 i 4030), wystarczy podać napięcie 5V bezpośrednio na bramkę (dla bezpieczeństwa przez opornik np. 4,7k) co spowoduje jego wysterowanie i żarówka (dioda) powinna świecić. Po zwarciu bramki tranzystora do masy żarówka ma zgasnąć. Bramki i przerzutniki podobnie można sprawdzić ale długo by o tym pisać. Jeśli chcesz to podam telefon i będzie trochę szybciej.

Problem wygląda na dość prosty do rozwiązania (zakładam, że posiadasz jeszcze układ CD4013N).
Bramki tranzystorów wyjściowych sterowane są z wyjść komplementarnych Q i /Q (nie Q)przerzutników D flip-flop 4013N. Sama nazwa tych wyjść wskazuje na postać sygnałów, które pojawiają się na nich, tzn. jeśli Q (np. pin 13) jest w stanie wysokim (ok. 5V) to drugie wyjście przerzutnika (pin 12) musi być w stanie niskim (0V). Wylutuj tranzystor, na którym nigdy nie pojawiło się napięcie. Nie zwlekaj z tą operacją gdyż to właśnie ten tranzystor powoduje ciągły przepływ prądu przez silnik. Zbuduj sondę TTL, która na schemacie znajduje się po lewej stronie. Jeśli jednak masz dość to weź czerwoną diodę świecącą i przylutuj jej katodę do masy. Do drugiej elektrody przylutuj opornik (4,7k do 10kΩ) oraz kawałek przewodu - będzie to pierwotna sonda TTL. Dla bezpieczeństwa odłącz wszystkie silniki. Zidentyfikuj końcówkę 4013 do której podłączony był wylutowany tranzystor, włącz układ, uruchom Macha, przewodem sondy dotknij odpowiednią nogę. Dioda powinna migać. Jeśli świeci ciągle to znaczy, że mamy zwarcie do +5V lub uszkodzony 4013. Przed wymianą kości sprawdź jakość ścieżek do bramki tranzystora.