Istotnie czoper spełna definicję PWM.
Moim skromnym zdaniem czoper jest idealnym rozwiązaniem dla sterowania tak "chwiejną" indukcyjnością, jaką jest uzwojenie silnika krokowego. Tradycyjny PWM o stałej częstotliwości wyczajnie wykładałby pracę silnika. Powiedzmy, że silnik wykonuje krok, prąd w uzwojeniu narasta (dla uproszczenia powiedzmy - prostoliniowo), nagle ktoś przytrzymał oś ręką (frez zaczął wgłębiać się w materiał). Silnik jeszcze nie wykonał kroku a PWM wyłączył prąd! Czoper natomiast cierpliwie czeka, aż prąd osiągnie zadaną wartość dla danego kroku.
EMC z czystego PWM będzie łatwiejsza do wytłumienia, gdyż tak jak piszesz widmo będzie bardzie skupione. Dla czopera pozostaje sztuka symetryzacji połączeń, bądź ich ekranowania, magiczne prowadzenie mas i takie tam "czary mary".
Z przesuwaniem fazy dla poszczególnych sterowników w celu polepszenia wykorzystania mocy zasilacza był bym ostrożny przy sterowaniu STEP, DIR. Nie ma problemu przy małych częstotliwościach (obrotach silnika), sprawa się komplikuje przy dużych częstotliwościach. W zasadzie należy synchronizację wykonać przed sterownikiem za pomocą inteligentnego przesuwnika czasowego, tylko co z pracą kiedy tniemy w 3D?

Mam jeszcze pytanko do jarekk.
Piszesz, że czoper powoduje brak synchronizmu między mostkami i lepszym rozwiązaniem byłoby zastosowanie klasycznego PWM.
Możesz przybliżyć zalety PWM w sterowaniu silnikiem krokowym?