romgol pisze:Prąd diody 1,36 mA.

Prąd jest stanowczo za mały do stabilnej pracy transoptora i prawdopodobnie to jest przyczyną "dolegliwości".
W punkcie 5 dokumentacji (str. 6) zawarta jest informacja o optymalnej wartości prądu wejściowego na poziomie 5 do 7mA.
Aktualnie jest 1,36 mA, co daje napięcie wejściowe o wartości około 1,8V???
Może Kolega zmierzyć jeszcze napięcie na wejściach DIR+/-?

Proszę opisać lub naszkicować okablowanie sterownika i płyty głównej.
Czy sterowniki otrzymują dodatkowe, niezależne zasilanie stopni wejściowych 5V? Prawdopodobnie każdy ze sterowników musi otrzymać indywidualnie to napięcie - ile sterowników, tyle odrębnych zasilaczy. Może to nadinterpretacja z mojej strony ale tak stoi napisane w instrukcji. Chyba dobrze było by zapytać Producenta.

Pierwsza anomalia to zasilanie 5V doprowadzane do wejść "separowanych galwanicznie". Nigdy nie spotkałem czegoś podobnego, zwłaszcza jeśli wejścia są różnicowe. Sterownik wygląda na mocarny ale nastawy prądu i podziału mikrokroku bardzo mizerne.
Proponuję włączyć amperomierz w gałąź wejścia DIR i zmierzyć prąd diody transoptora.

Czy to ustrojstwo posiada certyfikat CE?