"Zawsze mi wpajano że lepiej żeby zostało jak zabrakło, a więc dlatego wybrałem ~~36 "

Nie w tym przypadku, ponieważ operujesz na napięciach granicznych dla sterownika, tutaj co za dużo to niezrdowo, bo spalisz sterownik

Elektrolity mogą być 2200, tylko że jeśli to już taka spora "bateria" (mówię o całkowitej pojemności) a trafo toroidalne, to zdecydowanie przydałby się układ softstartu do początkowego naładowania kondensatorów (przy włączaniu), bez uderzenia prądowego

Widzę 2 błędy:

Za wysokie napięcie trafo, skoro z z obliczeń wychodzi 35 z kawałkiem,.a właściwie mniej, bo powinieneś podzielić przez 1.41, to nie możesz przyjmować 36V. Dodatkowo, musisz uwzględnić wzrost napięcia i zwrot energii podczas hamowania silników. Wydaje mi się, że trafo max 30V.

Do montażu używaj elektrolity nie większe niż 3300uF, łącz je równolegle i z sumy uzyskają potrzebną pojemność