nie jestem asem od Linuxcnc, ale jeżeli dobrze widzę to w hal-u masz zdefiniowane cztery osie, a w ini trzy

wyrzuć /zakomentuj może pomoże
setp stepgen.3.position-scale [AXIS_3]SCALE
setp stepgen.3.steplen 1
setp stepgen.3.stepspace 0
setp stepgen.3.dirhold 60000
setp stepgen.3.dirsetup 60000
setp stepgen.3.maxaccel [AXIS_3]STEPGEN_MAXACCEL
net apos-cmd axis.3.motor-pos-cmd => stepgen.3.position-cmd
net apos-fb stepgen.3.position-fb => axis.3.motor-pos-fb
net astep <= stepgen.3.step
net adir <= stepgen.3.dir
net aenable axis.3.amp-enable-out => stepgen.3.enable