podejrzewam 2 usterki :
1) jedna os jest szybsza o innej - co wymusza taka reakcje (ustawienia przyspieszenia, hamowania, inaczej obciążona)
2) za wolny komputer by wygenerować tyle impulsów jednocześnie i do tego obsługiwać cos jeszcze (np. falownik)

na marginesie można pogrzebać w ustawieniach macha (gdzieś na forum czytałem o podobnym problemie- choć mnie osobiście się nie przydarzył)