Ponieważ silniki masz unipolarne, z sześcioma przewodami, to możesz je podłączyć jako bipolarne.
Zmiany na schemacie wymagać będzie sprawa kluczowania napięcia do sterowania silnikiem. Polecam zestaw L297+L298 - na 100% opisany na forum.

Do mikrokontrolera polecam wsad ze strony Atmel'a: AVR446: Linear speed control of stepper motor. Steruje się to przez port RS-232.

Jak nie chcesz wchodzić w mikrokontrolery, to kiedyś Korporacja AVT zmajstrowała kit 2059 do sterowania dwoma silnikami unipolarnymi - schemat jest tutaj.

Schemat innego kitu AVT, tym razem dla silników dla silników bipolarnych, jest tutaj.