36V to bezpieczne napięcie z transformatora, na prostowniku po podbiciu przez kondensator wyjdzie pow.43V. Układ wytrzymuje 48V, ale nie można robić tak na styk, bo zwroty z silnika mogą go uszkodzić.

Pojedyńcze impulsy możesz zadać zwierając wejście step do masy jakimś włącznikiem (tylko dobrze byłoby dodać równolegle kondensator, żeby pozbyć się drgań styków).

Raczej wina sterowników, skoro przy wyższych prędkościach silniki działają. Może po prostu silniki wpadają w rezonans (przy pełnym kroku czy półkroku o to łatwo). Co się dzieje jak dajesz pojedyńcze impulsy step? Też wariuje? Czy jak regulujesz prędkość to problem pojawia się w jednym miejscu?