Ja odcinam wytłoczki za pomocą wykrojnika na wykrawarce walcowej lub wyższe elementy na prasie hydraulicznej. Materiał to HIPS o grub. 0,5mm. Grubsze materiały można wycinać wykrojnikami z podgrzewanym nożami na prasach np. firmy PEX z Zielonki k/W-wy.
Pisze tutaj o wycinaniu z arkusza, jeżeli chodzi o wycinanie w przestrzeni 3D - to już tylko obrabiarki lub przy małych seriach - ręcznie.

Tak, szpachlówka samochodowa.
Impregnuję Caponem.
Obniż piec grzejny, tak aby prawie dotykał ramki.
Jeżeli jest to niemożliwe, to zwiększ wysokość ramki, tak aby piec nie zaczepiał o formę w trakcie odjazdu.
Dodatkowo, można doczepić do ruchomego pieca materiał tekstylny(niepalny) , tak aby ocierał o ramkę w czasie jazdy i grzania.

ad.1 ja używam dwuskładnikowej szpachli samochodowej, dostępne o większym i mniejszym ziarnie, trzyma mocniej niż struktura MDF'u
ad.2 możesz mieć nierównomierny rozkład temperatury w piecu, dlatego , tam gdzie jest cieplej masz wyraźniej odciśniętą strukturę(chropowatość) formy, zwykle większa temp. jest w środku pieca, a na obrzeżach niższa, pouszczelniaj brzegi pomiędzy piecem , a ramką dociskającą, najlepiej byłoby zainwestować w dokładniejsze termostatowanie, tzn. podzielić grzałki na kilka stref z oddzielnym termostatowaniem.

Równomierny rozkład temperatury to podstawa w termoformowaniu - jak widać po Twoich problemach sam to dostrzegasz.

p.s. popracuj też nad ortografią