Ja tam ekspertem nie jestem i w prąd nie wierze, ale może to połączenie równoległe jest przyczyną błędu (kup sobie kartę z drugim portem i połącz krańcówki osobno .
Czy jesteś pewny, że oś Z, po zabazowaniu, zjeżdża z krancówki i nie pozostaje ona wciśnięta (piszesz że 1 mm - to nie za mało)?

Czy sprawdziłeś działanie krańcówek w: Maszyna - Pokaż konfigurację HAL - Pins - parport - Watch? Bo może jednak wystarczy zanegować sygnał którejś krańcówki?

I na koniec: spróbuj zmienić kolejność HOME_SEQUENCE = dla osi w pliku ini. Sprawdź czy błąd wystąpi tak samo dla innej konfiguracji bazownia. Tylko tu proszę ostrożnie, żeby nie uszkodzić maszyny (czyli najpierw Z do góry a potem np. bazowanie X,Z,Y).