Skoro wiesz lepiej, to szerokiej drogi.

Kompletnie nie myślisz.
Jeśli oś Y po zamianie kabelków działa to sterownik silnika, który pokazujesz na zdjęciach jest sprawny.
Padło sterowanie po stronie karta-kabel-komputer i nie ma sygnałów sterujących osią Y.

Tak. Zaznaczone kable przesyłają sygnały sterujące z komputera.
Czyli jak je zamienisz miejscami to cała oś X stanie się osią Y. I odwrotnie.
I będziesz wiedział czy błąd jest po stronie karta-kabel-komputer czy po stronie sterownik-silnik.

Zacznij od sprawdzenia sterowników.
Zamień sterownik osi X i Y miejscami.
Jeżeli ruszy oś Y a padnie X to problem ze sterownikiem.
Jeśli nie będzie zmiany to albo silnik albo karta.
Silnik sprawdzisz podłączając silnik Y pod sterownik silnika X.
Przy okazji sprawdź kabelki czy któryś nie jest zaśniedziały, ułamany itp.
Jeśli karta świruje to najlepiej wymienić na współczesne rozwiązanie czyli kartę w maszynie a nie kompie.