Z tego co piszesz to możesz mieć hazardy na sterowniku. Skoro usunięcie lub dodanie bramek robi różnicę i to jeszcze zależy od programu.

Może na próbę zaneguj sygnał kroku. Być może na tym drugim zboczu będzie ok - i będzie działać w sposób pewny i z każdym softem. Bo jak to są hazardy to takie usunięcie bramki może niewiele pomóc gdyż jak zmieni się temperatura to zmienią się czasy propagacji i problem może powstać na nowo.