Podobną sytuację miałem na Fogorze .
Po założeniu każdego narzędzia robiłem kontrolny dojazd do jakiegoś punktu, podobnie jak Ty zresztą i stosowałem G54 ( gdzie X miały już wartości) ...
Później jak chciałem zabazować kolejne narzędzie musiałem bezwzględnie załadować do pamięci ,chociażby poprzez MDI G55 (cokolwiek z zerowymi wartościami), bo w przeciwnym przypadku maszyna podczytywała wartości z osi X i bywało tak , że nie były to rzeczywiste odległości...
Spróbuj jeszcze raz przy całkowitej pewności że G54 masz zerowe, albo nie rób kontroli po każdym narzędziu tylko na sam koniec.