Żeby zmniejszyć opory przepływu podczas używania strzykawek w charakterze dozownika, zwykle wystarcza skrócić dziobek strzykawki. Nie bardzo rozumiem jak ma działać ten stolik próżniowy. Gdzie dajesz samą uszczelkę? Jeżeli wciskasz uszczelkę za każdym razem w inne rowki, zależnie od kształtu materiału to może rozwiązaniem byłaby zmiana materiału na uszczelkę. Pomyślałem o wykorzystaniu rurki silikonowej kupionej na metry http://allegro.pl/wezyk-waz-przewod-sil ... 25631.html Takie wężyki są produkowane w różnych średnicach. Po ściśnięciu ma eliptyczny przekrój więc po włożeniu w szczelinę będzie wystawać bardziej niż uszczelka o przekroju okrągłym
Ja różne silikony i żywice do odlewów kupowałem u użytkownika Allegro o nicku progmar_1 Bardzo kompetentny sprzedawca który chętnie odpowiada na maile i rzeczowo doradzi w przypadku wątpliwości

Na jaki ostatecznie silikon się zdecydowałeś? Dwuskładnikowy ma gęstość ciasta na naleśniki więc przez strzykawkę normalnie idzie. Jeżeli to silikon jednoskładnikowy, budowlany z tuby to faktycznie ma dużą lepkość i jest tiksotropowy więc się sam nie rozleje. W takim wypadku pozostaje dłubanina polegająca na wciśnięciu go jakąś szpachlą, palcem itp, następnie wciśnięciu w lepką jeszcze powierzchnię uszczelki gumowej. Żeby uszczelkę wcisnąć na odpowiednią głębokość, zachowując jednocześnie równą płaszczyznę na jaką wystaje, można pomóc sobie kawałkiem szyby szklanej. Potem trzeba mozolnie , nie wyciągając już uszczelki, wycierać nadmiarowy silikon który wyszedł ze szczelin na powierzchnię. Najpierw z grubsza na przykład papierem toaletowym, potem przemywając powierzchnię miękkim pędzlem namoczonym w benzynie ekstrakcyjnej. Kiedy trzeba znowu papier toaletowy lub waciki i tak do skutku. Papranina że trudno bardziej więc trzeba mieć pod ręką jakąś szmatę namaczaną w w.w. benzynie do wycierania rąk. Na koniec jeszcze jakaś próba szybą czy uszczelka nadal równo wystaje z powierzchni pleksi i można zostawić na dzień lub dwa do pełnego związania. Można pozostawić całość pod szybą ale żeby się szkło nie przykleiło, dobrze jest między szybę a gumę położyć na przykład folię śniadaniową albo zwykły zwilżony papier. Woda powoduje niemal natychmiastowe pokrycie się silikonu utwardzonym naskórkiem. Z tego też względu żeby cała operacja przebiegła pomyślnie dobrze jest ją przeprowadzić w miarę suchej atmosferze. W suchym pomieszczeniu i przy bezdeszczowej pogodzie.
Dociskając szybę, szczególnie pierwszy raz, dla uzyskania właściwego wciśnięcia uszczelek, podłóż między szkło a pleksi jakieś dystanse, na przykład wykałaczki, zapałki, kawałki drucików. Zależnie od tego jak wysoko chcesz żeby uszczelka wystawała z rowków.
Ponadto możesz też przed ostatnim położeniem szyby spryskać całą powierzchnię którą obrabiałeś wodą z domieszką płynu do mycia naczyń. To przyspieszy ostateczne wiązanie a woda nie będzie się tak łatwo zbierać w krople. To musi się udać.

1 mm to niedużo. Zrobisz jak zechcesz oczywiście. Silikony to bardzo sympatyczne materiały. Skosztujesz to się zakochasz. Silikon dwuskładnikowy dość łatwo po utwardzeniu odchodzi od materiału formy , w Twoim wypadku korytka w pleksi. Silikony na formy mają różną gęstość, czas wiązania, odporność na kontakt z żywicami itd. Kiedy nic nie pogania, wygodniej jest użyć takiego który żeluje długo bo ma wtedy czas na samoczynne odpowietrzenie i wypoziomowanie. Czasem zmniejszałem procentowy udział utwardzacza żeby ten czas jeszcze wydłużyć. Silikon budowlany w tubie wobec wielu materiałów wykazuje sporą adhezję więc mocno przywiera i działa jak każdy klej, jednak bez utraty masy. Jest wygodny wtedy kiedy oprócz uszczelnienia ma trwale połączyć ze sobą detale. W przypadku tego rodzaju silikonu wiązanie polega na reakcjach chemicznych z substancjami z powietrza otoczenia (wilgoć i CO2) Dlatego nie krzepnie w szczelnej tubie a czas wiązania warstwy silikonu liczy się w mm/godzinę Im grubsza warstwa i mniejszy kontakt z powietrzem, tym dłużej trzeba czekać. Żeby połączenie było solidne, powierzchnie powinny być odtłuszczone i suche.

Odradzam Ci robienie czy kupowanie w tym celu kleju rozpuszczalnikowego (cholek metylenu czy kwas octowy lodowaty który też się nadaje to rozpuszczalniki) bo sam przez to przechodziłem. Chyba że do uzupełnienia jest naprawdę cienka warstewka. W przeciwnym wypadku możesz mieć kłopot jeszcze większy. Pamiętaj że rozpuszczalnik będzie wyparowywał a z pleksi uwalnia się dość długo. W efekcie powstaną niekontrolowane zmatowienia a warstwa w miarę wysychania będzie coraz cieńsza. Klej dwuskładnikowy o którym wspomniał tuxcnc nie ma tej wady. Podobnie silikony, też nie zmieniają widocznie swojej objętości w trakcie utwardzania. Gdybyś zdecydował się na silikon budowlany i kupił go w kolorze uszczelki to nikt nawet się nie domyśli że zrobiłeś błąd przy frezowaniu. Raczej pomyśli że to celowe działanie w celu uzyskanie lepszej szczelności. Niektórzy będą pytać gdzie kupiłeś uszczelkę o tak genialnie dobranym profilu

Może silikon dwuskładnikowy http://allegro.pl/kolekcje?string=silikon Po utwardzeniu jest elastyczny, będzie dobrze współpracował z gumą, dobrze się rozleje jeżeli go będziesz dozował strzykawką do rowków w wypoziomowanej płycie. Jeżeli wolałbyś żeby ta uszczelka gumowa nie wypadała z rowka to możesz też użyć silikonu do uszczelniania okien w tubie. Należałoby wówczas nałożyć tego silikonu do rowka i od razu wcisnąć na to uszczelkę gumową. Żeby powierzchnia gumowej uszczelki była równo wystająca z kształtki, można ją lekko docisnąć szybą. Do wyczyszczenia silikonu którego nadmiar wycisnął się na zewnątrz, przed jego utwardzeniem, można użyć szmatki namoczonej w benzynie ekstrakcyjnej. Benzyną dobrze jest też przed nałożeniem silikonu odtłuścić rowki i samą uszczelkę gumową, wówczas lepiej wszystko zwiąże. Po 1-2 dniach powinien związać zupełnie.