Jeżeli jak piszesz spaliłeś kilka L298 w swoich sterownikach to raczej nie w funkcjonowaniu chopera problem. Przede wszystkim podstawowa zasada włączania tych sterowników to obowiązkowe istnienie w układzie ustabilizowanego już zasilania 5V DC w trakcie podawania napięcia wyższego zasilającego silniki. Inaczej mówiąc to napięcie +5V musi przyjść conajmniej w tym samym czasie a lepiej chwilę przed podaniem napięcia powiedzmy 40V, natomiast przy wyłączaniu najpierw powinno zaniknąć napięcie wyższe a dopiero później 5V zasilające logikę płytki. Myślę że na wyłączanie trzeba szczególnie zwrócić uwagę ponieważ w zasilaczach zwykle montuje się spore kondensatory, dość długo utrzymujące napięcie zasilające silniki więc nawet korzystniej jest opóźnić wyłączenie 5V aż do spadku tego wyższego do bezpiecznego poziomu.Jaki to jest ten bezpieczny poziom można obliczyć z prawa Ohma znając rezystancję uzwojeń silnika i dopuszczalny dla niego jak i dla L298 prąd. Napięcie 5V zasila układ L297 czyli między innymi ożywia generator chopera. Jeżeli ten generator nie pracuje to na wejścia sterujące l298 podawane są jakieś przypadkowe statyczne stany i przez ten układ może po podaniu wysokiego (powiedzmy 40V) napięcia popłynąć do silnika prąd wynikający z prawa Ohma, dużo wyższy niż wytrzymuje układ L298. Jeżeli chcesz zadziałać przy uruchamianiu ustrożniej to owszem możesz dodać oporniki do obciążenia sterownika ale wmontować je szeregowo z uzwojeniami silników a nie tylko same rezystory. Choper działa w kierunku ograniczenia prądu płynącego przez uzwojenia dzięki temu że uzwojenia charakteryzują się indukcyjnością. Gdybyś zastosował same rezystory o znikomej indukcyjności to mechanizm regulacji prądu choperem nie zadziała i też sterownik puści parę. Jeżeli chodzi o zasilacz to należy też sprawdzić jak duże jest to wyższe napięcie bez obciążenia. Należy bowiem pamiętać że układ L298 nie lubi nie tylko zbyt dużego prądu. Zbyt wysokie napięcie też może go ukatrupić.