wszystkie komendy które operują na jakichś chronionych zasobach wywołujesz z sudo na początku.
Dzięki temu wykonujesz je z prawami Chucka Norrisa. Możesz wszystko.

I tak, jak chcesz coś skopiować to piszesz

sudo cp /to/jest/sciezka/skad /linuxcnc/nc_files/examples/ngcgui_lib/lathe

w konsoli piszesz

sudo gedit /emc2/configs/ngcgui/ngcgui_lathe.ini

gdzie gedit to wybrany przez ciebie edytor tekstowy.
Piszę, bo nie wiem co jest w tej wersji dystrybucji.

Możesz też spróbowć VIM albo nano