grze pisze:1. długość nakrętki /śruba TR 14x4/wynosi 28 mm, zrobilem w kostce na taką głębokość podfrezowanie. Czy musi być na wylot?

Nie musi być o ile dobrze jest wykonane. Otwory przelotowe sa zwykle łatwiejsze w wykonaniu. Można je chociażby rozwiercić w zespole aby zapewnić współosiowość itp

grze pisze:2. czy ma znaczenie ustawienie nakrętek względem siebie /rys./ mają być do siebie, czy od siebie?

Może wpływać na sposób kasowania luzu, ułatwienie dostepu do śrub "regulacyjnych". W takim przypadku jak u Ciebie nie sądze aby jeden z wariantów wygrywał poza w/w racjami.
Te nacięcia są do kasowania luzów łożysk. Można wciskać łożyska czy nakrętki ale czasami pewniejszym rozwiązaniem jest byle śruba z boku czy od czoła zwlaszcza przy nakretkach.

jeśli kupujesz z Poltechu (ale i innych sprzedawców to dotyczy) zwróć uwagę na wysokość podpory.
Ja kupiłem niskie bo takie mi odpowiadają i obudowy łożysk dorabiałem sam ale na takie niskie prowadnice gotowe obudowy łozysk mogą nie pasować. Nie ma problemu aby to sprawdzić bo każdy producent rysunki udostępnia a i znam takiego co się naciął i był zdziwiony.