Moim zdaniem raczej nie chodzi tutaj o system plików bo kartę możesz sformatować i na FAT12, FAT16 czy też FAT32 tylko o brak jakiś sygnałów lub inne czasy dostępu do karty.
Kiedyś próbowałem podłączyć kartę CF przez przejściówkę PCMCIA->CF do sterowania fanuca i16 i i21. Miałem chyba 5 różnych kart o różnej pojemności. Za nic w świecie nie chciały ruszyć. Na nowszym sterowaniu (już nie pamiętam jakim, na pewno miało już kolorowy monitor) czytało te karty bez problemu. A na starszych jedynie poszły karty SRAM.