przed rozpoczęciem wycinania staje robi wpał wycina jednostajnie po czym staje robi przejazd do drugiego elementu staje robi wpał i wycina płynnie staje i wraca do zera

Tak jak w Twoim programie. M3 załącza laser a M5 wyłącza laser (w Twoim przypadku laser masz podłączony jak wrzeciono ale nie rozumiem powtarzania wyżej wymienionych komend, wystarczy użyć 1 raz)

jeśli chodzi o ten mój g-jest to jest on dobry bo same elementy wycina dobrze płynnie i zgodnie z wymiarami czyli 20mm x 20mm

To tylko stwierdzenie teoretyczne i dla Twoich potrzeb pewnie wystarczające.

Witam
Może na wszystkie pytania nie odpowiem ale..
Analizując Twój Gcode pojawiają się w nim wg mnie niepotrzebne linie np.

Y20.00
X-0.04 Y20.04
X-0.00 Y20.05
X20.00

linia Y20.00 jest ok
linia X-0.04 Y20.04 jest to malutki przejazd o 0.04 mm w każdej osi nie związany z kwadratem (bo ma tylko 4 boki w a Gcode jest ich więcej)
To samo z linią następną X-0.00 Y20.05 przejazd w x o 0.04mm a w y o 0.01mm (i pewnie dla oka niewidoczne)
linia X 20.00 jest ok
Mach wykonując Twój program "staje" przetwarzając każdą linię i z tego powodu są dodatkowe mikro przejazdy na rogach co może powodować wżery lasera i mikro postoje
Poniżej Twój G kod lekko zmodyfikowany
G90
G49
M5 G0 X-0.00 Y-0.00
M3 G1 F1500
Y20.00
X20.00
Y0.00
X0.00
M5 G0
M5 G0 X20.83 Y0.00
M3 G1 F1500
M3 G1 Y20.00
X40.88
Y0.00
X20.88
Y0.00
M5 G0
M5 G0 X0.00 Y0.00
M02

Porównaj oba wyciągnij wnioski. Być może ze w samym rysunku pojawiły się dodatkowe kreski i program wygenerował gcode prawidłowo. Musisz znaleźć przyczynę tych błędów.
Można jeszcze inaczej ustawić punkty startu poszczególnych kwadratów by były przy sobie i laser można poprowadzić po powstałej linii nie wyłączając go.
Luzy osi można ustawić w Config -> Backlash
Możesz jeszcze w Congif -> General Config zaznaczyć "Constans Velocity" to także robi płynniejsze przejścia pomiędzy liniami
Jak załączyć i wyłączyć laser niech opowiedzą Ci co go używają