Zwora J1 zwarta jest do +5V, jeden sterownik jest MA a pozostałe 2 SL. Nie połaczyłem sygnałów sync i GND pomiędzy sterownikami

Jumper J1 służy do wyboru trybu pracy z wewnętrznym oscylatorem (pozycja MA) lub sygnałem taktującym ze złącza SYNCH (pozycja SL).
SYNCH to wyjście sygnału taktującego. W przypadku, gdy sterownik pracuje jako pojedynczy, nie jest wykorzystywane. Jeśli w systemie wykorzystanych jest kilka sterowników można połączyć je ze sobą . Taktowanie pomiaru prądu będzie następowało we wszystkich sterownikach jednocześnie. Fabrycznie nie aktywne. Aby wykorzystać wejście należy przepiąć zworkę J1 w pozycję SL.

Gdześ wyczytałem że zwarcie zwory J1 do zasilania powoduje (tryb jednofazowy) brak regulacji prądu fazy

Pola lutownicze zaznaczone na schemacie J3 pozwalają na wybranie trybu pracy dwufazowej (zwarcie cyną do masy) lub jednofazowej (zwarcie do + 5V).

Witam kilka dni temu zlutowałem 3 szt sterowników SKK-B01 i płyty sterującej

Czyli zakupiłeś same płytki u sponsora forum a wraz z nimi dostarczono Ci pełną dokumentację sterowników i płyty głównej. Pewno nie doczytałeś w dokumentacji : "UWAGA!!!
Podczas uruchamiania obrabiarki należy kolejno włączać: komputer, program, sterownik. Program przejmuje kontrolę nad pinami portu LPT. Przy zamykaniu systemu stosujemy kolejność odwrotną. Uchroni to przed nieoczekiwanymi i niebezpiecznymi ruchami maszyny."
Czyli na wszystkie nurtujące Cię pytania znajdziesz odpowiedź w dokumentacji lub tu.

Drugi problem jest następujący, podczas podłączenia płyty sterowniczej za pomocą przedłużacza LPT do komputera załacza się z automatu przekaźnik nr 2-czy tak ma być?

A w programie sterującym wyjscia dobrze skonfigurowane?