Teoretycznie pod frezarkę nie trzeba łączyć polipowierzchni w jedną całość, ja nie używałem też sumy boolean`ów , by stworzyć jedną bryłę, cam i tak wygenerował poprawnie ścieżki.
STL to w sumie rozszerzenie do drukarek 3D i tam, rzeczywiście trzeba łączyć wszystkie krawędzie otwarte. A kombinowanie z wieloma programami to tylko dodatkowy kłopot. Lepiej kolego ściąg sobie trial madcama do rhino, przez 30 dni możesz używać go do woli i kożystać z postprocesorów i generować ścieżki. Jak trzeba Ci pomóc to pomogę od tego to forum jest .
Warto się pouczyć tego programu, bo szybko się na nim projektuje.
Pozdrawiam.

P.S.
Artcam jest ok, ale do tworzenia reliefów czy "wyciągania" brył ze zdjęć czy bitmap itp.