A taka ciekawostka. Puść obróbkę i przy pierwszym planowaniu warstwy ustaw w danej osi zegar i na koniec sprawdź czy jest tyle samo.
Ciekawostka to inaczej pracuje oś przy łożyskach inaczej na ramieniu gdzie jest frez siła * ramię.

To wina maszyny i jej konstrukcji.
Jeśli robisz 3-5 takich samych detali i każdy ma odchyłkę wymiaru 40,88 40,91 40,93 .... to do poprawy ustawienia silników bo może gubi kroki.
Co jeśli wytniesz ten sam detal w drugą stronę?

Obecnie dałeś fote i od razu wyciągnąłeś wnioski że to Mach3.
Nie ma g-kodu a tam są parametry pracy może zbyt dużo zbierasz może zbieraj cieńszą warstwe ...

Czy sprawdzałeś ustawienia krok/mm z zegarem/czujnikiem czy na oko?
Luzy mogą być jeśli masz np śróby trapezowe i lipne kasowanie luzu. Sprzęgło miedzy silnikiem czy coś poluzowane w przekładni.

Prosty test: opuść Z tak jak tniesz i złap za wrzeciono ręką i sie rusza konstrukcja????