Czy ma znaczenie czy w wierszu napiszę
S1000 M03
czy
M03 S1000

Nie ma znaczenia jeśli sterownik taki zapis przyjmie.

Na początku kodu zawsze trzeba wstawić G21

Nie - dalej sam sobie odpowiedziałeś.

Z0.1 - ta kropka oznacza że to 0,1 mm ?

Tak.

Czy zamiast
G43 H02 Z0.1
mogę napisać
G43 H02 Z1000 czyli 1 mm ?
Dobrze rozumiem ?

Nie.