Tu na forum, czytałem, że przyczyną gubienia kroków są często sprzęgła. Czy ta guma jest dobrym rozwiązaniem, może powinieneś do elementów, które sam zrobiłeś dobrać typowe krzyżyki od sprzęgieł, one chyba nie są z gumy.
Sprawdź też ustawienia sterownika, miałem źle ustawione, i element, który grawerowałem był mniejszy.
Z gubieniem kroków, też się spotkałem, w jednej osi i tylko w jednym kierunku. Powodem było to, że grawerując, pryskam WD-40, trochę się go dostało na sprzęgło - poluzowany wkręt i nastąpił poślizg. Posprawdzaj sprzęgła, a najlepiej kup to co sprawdzone, może najpierw na jedną oś i zobaczysz.