tylko w wersji 4,5 miałem tak samo poustawiane...

Tak, ale w wersji 5.2 zmieniły się zasady o czym wyraźnie napisane w linku kilka postów wcześniej.

W samym g-kodzie masz dojazdy na 30mm więc pierwsze dojazdy będziesz miał na 60mm (30 + odległość dojazdu)
Jako, że odległość dojazdu masz 30, to przy pauzie z poziomu -1 będzie dojazd do 29 a następnie do 30 (wysokość bezpieczna) - czyli to o czym piszesz.
Proponuje "odległość dojazdu" dać zdecydowanie mniej np 1.

.. , a czemu po ponownym starcie oś Z podnosi się do 60 jak mam 30 ustawione ?

Wyślij na maila plik .mach z konfiguracją swojej maszyny i ten konkretny g-kod co tak robi.

Czytałeś strona 10. http://www.pikocnc.com/download/Relase_520.pdf
Pierwsze podniesienie jest relatywne względem aktualnej pozycji. Pozycja końcowa też nie musi wypaść tak jak wpisana w okienku
Jest ograniczana przez softlmit i długość narzędzia - być może u Ciebie zachodzi taka sytuacja.

Tak, po ostatnich zmianach w obrębie pauzy kod M0 przestał działać na płytach "M". Na stronie jest już wersja 5.3.3 - powinno pomóc.