wysokości Z do oprawki narzędzia, bez pomiaru narzędzia, są OK.

A po pomiarze jaką korekcję widać w oknie monitora ? I czy zgadza się z długością tego co wystaje z uchwytu wrzeciona ?

Czyli nie ma dodatkowej zakładki lub okienka do kliknięcia.

Jeśli w ustawieniach jest zaznaczona obecność czujnika długości to przy REF zawsze wykonywany jest pomiar. Jeśli to nie działa prawidłowo to jest jakiś błąd w ustawieniach.

W kontrolkach Control2 zaznaczony jest Tax Probe a nie Probe ma to jakieś znaczenie ?

TaxProbe to wejście probe osi technicznej. W klasycznym układzie wejście probe jest razem z HOME_Z i wynika to z zaszłości historycznych – było tak gdy kontroler w zasadzie nie miał jeszcze specjalnego wejścia probe - a symulowało to bazowanie w przeciwnym kierunku.

Czy jest gdzieś opis tego wszystkiego?

Najlepiej zajrzeć do programu plc. Ostatnie dwie linie to podpięcie bitu PROBE do wejścia HOME_Z.