Im większa rozdzielczość enkodera, tym pod względem regulacji lepiej, ale przy zbyt dużej częstotliwości sterownik może zacząć gubić pozycję. Nie należy więc przesadzać. 2500ppr jest wystarczające z zapasem. Co do płynności ruchu to ma znaczenie dobór nastaw regulatora. Jak będą przesadzone to się będzie wzbudzał i pracował nierównomiernie.
Powinieneś też sprawdzić czy ten generator ttl generuje stabilny czasowo przebieg. To jest jakiś generator RC czy wyjście z procka?

Podstawowe pytanie to czy to serwo ma być sterowane z jakiegoś cnc, czy ma być sterowane bez interpolacji. Drugie pytanie to jaka będzie inercja obciążenia, tzn. czy kol np. chce bezpośrednio z koła zębatego na silniku napędzać listwę zębatą lub pas liniowy? Czy ten silnik ma kręcić jakąś śrubą?