Zmniejsz posuw w machu i sprawdź, ten jest za duży, silnik momentami staje.

Jak kręci się w jedną i drugą stronę to pewnie nie podłączyłeś wejść sterujących do potencjału 5V lub GND i stany nieustalone generują impulsy.
Zrób zworkę DIR do plusa lub minusa to będzie kręcił się w jedną stronę - ten ster jest dobry.

A czy drugi ma zwarcie na +5V i GND? Jak nie, to musisz improwizować, ale prawdopodobne i tak spalił się L297.

W trzecim na pewno spalił się L298. Teraz sprawdź który i czy nie oba, wylutuj je i sprawdź zwarcie na nóżkach 4 i 8. Sprawdź jeszcze diody w tym sterowniku, pewnie niektóre padły.

Ostatnio miałem podobną awarie i udało mi się z nią jakoś uporać, więc napisze jak ja to zrobiłem.
Z silnikami raczej nic się nie stała, ale na wszelki wypadek sprawdź czy są na nich przejścia omomierzem.

Co do sterowników (to raczej na pewno one), po pierwsze wymontuj wszystkie z szafki sterowej.
Sprawdź czy niema zwarć na wejściach zasilających zarówno 5V i GND (spalony L297), jak i 40V i GND (spalony L298, lub oba - sprawdź wejścia zasilające każdego z osobna).
Tutaj wyeliminujesz pierwszych podejrzanych.
Następnie sprawdź czy diody nie zostały spalone i wymień te wadliwe.
Jak już wszystko posprawdzasz to podłączaj każdy sterownik osobno do zasilania i silnika, logikę (STEP, DIR, ENABLE) możesz podłączać kabelkami do +5V lub GND i sprawdzać czy silnik reaguje.
Jak sprawdzisz każdy z osobna i będzie działał to możesz całość złożyć do kupy.

Pamiętaj też o zworce, żeby była na MASTER (pozycja MA), no i skręć prąd sterowników do minimum!
Jak zmontujesz wszystko w całość to nie łącz synchronizacji (przez to poszły inne sterowniki przy awarii pierwszego) i wszystkie zworki na MASTER.
Sprawdź też LPT, bo mi przy okazji awarii spaliło jeden pin (17) w porcie.

Jak port jest cały to dorób optoizolację zanim coś ci go uszkodzi.

Powodzenia!