Może się mylę, ale wydaje mi się że to jest normalne zjawisko. Silnik krokowy rusza i zatrzymuje się wykorzystując tzw. rampę , czyli innymi słowy robi to w sposób płynny.
Jeżeli zatrzymasz rozpędzony silnik , a układ sterujący "nic o tym nie wie" silnik z powrotem nie ruszy wydając przy tym odgłos buczenia , czy też piszczenia.