Problemów widzę kilka, ale pierwszy podstawowy - nie możesz zamienić osi Z na A tak sobie, zamieniając w g-kodzie, np:

X2 A3 Z5

Tak to nie zadziała, bo większość programów interpretuje g-kod w kolejności XYZABC. Tak więc, jeśli Twoja zmiana wyglądałaby tak:

X2 Z5 A3

byłoby najprawdopodobniej OK. Znam proste rozwiązanie problemu:

Wersja 1 - zamieniasz fizycznie wtyczkę sterowania osi Y z osią A,
Wersja 2 - zamieniasz piny osi Y z pinami osi A w oprogramowaniu sterującym.
Wersja 3 - weź mój program STEP2CNC - prostszy i bardziej oczywisty program sterujący, w którym to co opisuję sprawdzisz bez problemu.

Pozdrawiam, PR