Nie szkoda Ci czasu ,opisanie podstawowych zależności to jeszcze rozumiem ,ale wstawienie w FPGA reakcji zabezpieczających ,jak np. przebicie bramki itd. to już niezła zabawa .Tym bardziej gdy trzeba przewidzieć nieprzewidywalne.Układy FPGA też nie mają dużej obciążalności i tak drivery będa potrzebne. Właściwie co chciałbyś osiągnąć rozwijając taki projekt ,lepsze to nie będzie od specjalizowanego układu ,a czasu pochłonie naprawdę dużo.

Masz dwa wyjscia ,korzystać z innego przetwornika C/A - to też jest problematyczne dla częstotliwości zmian rzędu 100 kHz, albo trzeba zmienić program.
Można przyjąć taki algorytm by np. do częstotliwości 3 kHz pracował z mikrokrokiem 1/32 ,powyżej 3 kHz przechodził na 1/16 itd. albo od razu na 1/2 co nie ma znaczenia bo sam sprawdziłem na TMC239.
Zwróć uwagę (upraszczam) ,że częstotliwość oscylacji czopera (ok 30kHz) będzie ze trzy razy mniejsza niż częstotliwośc zmian na PWM (100kHz) .Zanim czoper zareaguje na zadaną wartość napięcia ,PWM już zmieni ją trzy razy .

Może zaprojektuj sterownik dwunapięciowy ,który jest bardziej skomplikowany ,ale ma kilka zalet ,przede wszystkim jest prawie bezgłośny.Drugą zaleta jest taka że tranzystory z mostka możesz sterować praktycznie bezpośrednio z wyjść procesora .Zostale tylko zaprojektowanie układu sterującego tranzystory dodatkowe dołączające cewki silnika do wyższego napięcia na początku każdego cyklu aby zwiększyć szybkośc narastania prądu i wyłączające je gdy prąd osiągnie zadaną wartość .

Co do twojego pytania to zerknij tu:
http://pminmo.com/3axis/3chprschematic.pdf

Widać ,że lubisz wzmacniacze operacyjne ,ale tak budowało się pare lat temu ,tylko na 1 fazę masz ponad 40 elementów .Wliczając procesor jego otoczenie ,drugą fazę i elementy zasilacza wyjdzie Ci ich 100 a jak będziesz chciał zwiększyć prąd ładowania bramek tranzystorów za pomocą wtórników to będziesz miał ze 120 elementów .Trzeba to wszystko zaprojektować i polutować. Nie wiem czy w końcu to wyjdzie taniej niż jakiś scalak .