Dokładnie, jak chcesz się upewnić to musisz podmienić silnik, skoro zamiana sterownika nic nie dała. Z pewnością warto było spróbować na wszelki wypadek, gdyby okazało się, że sterownik szwankuje w danej osi. Jeśli jednak okazało się, że powyższa zamiana nic nie dała, a śruba płynnie pracuje to kolej na podmianę/wymianę silnika.

Na podstawie tego co napisałeś myślę, że to problem z silnikiem. U mnie akurat wpadał w rezonans, na osi X czyli tak jak u Ciebie. Widocznie ta oś - tworząca bramę, jest bardziej podatna na tworzenie rezonansów. Bardzo prawdopodobne jest, że na innej osi silnik, który nie sprawdzał się w mojej maszynie na osi X, mógłby pracować poprawnie ponieważ po jego demontażu i podłączeniu na zewnatrz nie stwierdziłem jakiś nietypowych objawów typu spadek momentu. Nie zamieniałem jednak silników miejscami, żeby to sprawdzić ponieważ nie chciało mi się rozbebeszać innej osi, po prostu kupiłem nowego krokowca. Za namową kolegów z forum 8 przewodowca. Problem znikł. We wspomnianej osi X mam nierówne opory przesuwu co z pewnością nie pomagało. Najprawdopodobniej mam wadliwie/niecentrycznie zarobione zakończenie śruby. Zamówiłem nową śrubę, po co mają się łożyska męczyć itp, nie lubię jak coś jest nie tak jeśli stosunkowo niewielkim kosztem można poprawić sprawę.
Tak czy inaczej, silnik tego typu nie kosztuje majątku więc chyba w Twojej sytuacji, gdy wszystko wskazuje na jego awarię, nie ma co się zastanawiać.