Złe sprzężenie enkodera wrzeciona z posuwem . Osobiście sprawdziłbym właśnie enkoder wrzeciona czy nie jest zabrudzony czy przewody są ok i czy np. nie poluzowało się sprzęgieł lub pasek ,koła pasowe itd.. w zależności jak on tam u Ciebie jest zamontowany.
Najlepiej użyć oscyloskopu widzisz wtedy czy sygnał jest powtarzalny