Wałki podparte 12? będzie ciasno...

Wręcz bardzo ciasno i możesz mieć problem ze zmieszczeniem śruby napędowej z łożyskami i nakrętką.

Zamknięcie silnika w ramie nie powinno powodować przegrzania - będzie oddawał ciepło przez czoło na płytę do której został przykręcony.

Podejrzewam, że znacznie skuteczniej będzie się chłodzić przykręcony do kawała alu niż na otwartym powietrzu w drewnianej maszynce.

Łożyska najlepiej rozłożyć w miarę symetrycznie względem planowanego punktu (a raczej odcinka) nacisku.

Nie widzę zbytnio sensu budowy aż takich skrzynek przy konstrukcji z alu - górna płyta w Z wiele sztywności nie da...
Skoro przy Z - zamień miejscami wałki z łożyskami - wtedy bez zbędnych elementów zabudujesz silnik w górnej części Z wykorzystując płytkę która teraz jest tam zbędna.

Dodatkowo krzyżak będzie mógł być zrobiony tak aby był maksymalnie sztywny - np. dwukrotnie grubszy, bo będzie znacznie mniejszy.